La primera vez que se celebró la Misa en Morristown y presumiblemente la primera misa pública (opuesto a lo clandestino) celebrada en el estado de Nueva Jersey fue el 29 de abril de 1780 cuando el Padre Serafín Bandol, un capellán franciscano de la marína francésa celebró una misa funeral en presencia del General George Washington, su personal, y los miembros del congreso en su sede en la mansión Ford para Don Juan de Miralles, el ministro de la corona española al Congreso Continental, quien murió repentinamente mientras visitaba a Washington en su campamento de Morristown.
En los comienzos del siglo XIX, los pocos Católicos de Morristown, asistian a la iglesia San Vicente Martir en el pueblo vecino de Madison la cual había sido construída en 1825, y servía a todo el noroeste de Nueva Jersey. Como el número de Católicos en el área aumentó, los pastores de Madison supervisaron la construcción de las iglesias misiones en las grandes estaciones de Dover, Boonton, y Morristown. La iglesia de Morristown se inició en marzo de 1848 bajo el liderazgo del Padre Bernardo McQuaid, quien luego fué el primero Obispo de Rochester. La Iglesia fue llamada la Asunción de María, y la primera misa se ofreció en la navidad de 1848. A finales de 1850, la misión de Morristown empezó a ser pastoreada por los sacerdotes de la universidad de Seton Hall, en este tiempo ubicada en Madison. Cuando Seton Hall se mudó a South Orange en 1860, uno de los sacerdotes, el Padre Lawrence Hoey se quedó para ser el primer pastor residente de Morristown.
En 1885, el pastor de la Asunción, Monseñor Joseph Flynn, compró la propiedad de Condit de 10 hectáreas en el lado norte del pueblo por $25.000 dolares, teniendo en mente dividirla para Iglesia y vivienda. Para el fin del año, las calles y los lotes de vivienda para venta fueron extendidos, y una pequeña capilla fue construída en la calle Bellevue Terrace y dedicada a Santa Margarita, la reina de Escocia. Más de 1,000 personas marcharon de la iglesia Asunción para la dedicación de la nueva capilla el 31 de mayo de 1885. El año siguiente, 1886, se abrió una escuela en la iglesia. Cinco años después, en 1891, mudaron la capilla a la calle Columba al otro lado de la propiedad, conectada a una granja. En los siguientes cuarenta años, se hicieron dos adiciones a la capilla. Aunque la visión de Flynn del área tuvo un sabor celtico al nombrar la iglesia con el nombre de una reina escocesa,en una calle con el nombre de un santo Irlandes, el área se desarrolló casi inmediatamente en una vecindad italiana y los pastores de la Asunción se aseguraron que sacerdotes de habla italiana y servicios fuesen disponibles frecuentemente en Santa Margarita.
Hacia 1930, la presencia Católica en Morristown y los alrededores había crecido al punto que le inspiraran al Obispo Tomás Walsh de Newark separar a Santa Margarita y promoverla a un status de Parroquia con su propio pastor. Una vez mas había una conexión con Seton Hall ya que un dinámico sacerdote de la universidad, John J. Sheerín fue nombrado como el primer pastor. Monseñor Sheerín se quedaría en la iglesia de Santa Margarita por los próximos treinta y cinco años hasta su muerte en 1965. En 1934, supervisó la construcción de una combinación de iglesia, escuela y una casa parroquial. Por los últimos once años de su vida, Sheerín también sirvió como general vicario de la diócesis de Paterson. En los 50s se hizo en Santa Margarita la primera conferencia de Cana en la diócesis, un programa de enriquecimiento matrimonial bajo la supervisión del Padre Anthony Franchino.
Sheerin fue sucedido por Monseñor Christian D. Haag, quién tambien fue pastor durante veintidos años. Durante su servicio, la iglesia actual y un nuevo convento fueron construidos en 1968, y después de un incendio trágico, la casa parroquial tambien fue re-construída. La nueva iglesia, construida inmediatamente después de las repercusiones del Concilio Vaticano Segundo, incitó alguna controversia debido a los vitrales, que ilustran las Bienaventuranzas, incluyendo dos retratos de no-católicos, Dag Hammarkjold y Martín Luther King Jr.
La escuela de Santa Margarita abrió primero en 1886, fue dirigida por las Hermanas de la Caridad desde 1888 hasta 1984, y por las hermanas maestras de San Lucy Filippini. desde 1984 hasta su cierre en 1998. Santa Margarita ha sido la fuente de un número de vocaciones para el sacerdocio y la vida religiosa, incluyendo a Monseñor Herbert Tillyer, en ese entonces, un reciente vicario general de la diócesis. Los pastores más recientes han incluido al Padre Gregory Colucci (1987), Monseñor Thomás Zazella (1989), Monseñor Francis Duffy (1995), y al Padre Hernán Arias (2005), el primer hijo de la parroquia para servir como su pastor.
Hoy, la parroquia que en otro tiempo fue muy poblada por los inmigrantes italianos, dispersos por diferentes partes de Morristown, Morris Township, y Randolph Township, ha sido incrementada por nuevas olas de inmigrantes prácticamente de cada nación de las Américas. Actualmente en cualquier Misa en Santa Margarita hoy es probable que se encuentre una congregación tan diversa como la que se puede encontrar en cualquiera de las otras cuarenta y ocho parroquias del condado de Morris. Aun en ambos idiomas inglés y español, Santa Margarita sigue haciendo lo que ha hecho fielmente por más de 125 años- proclamar el Evangelio de Cristo en Morristown.
